１、专利申请
专利权必须经过申请方能被授予。日本实行的是在先申请原则，相同发明在不同日期有了两个以上的专利申请时，只有先行申请的专利申请人对发明可以获得专利。
2、专利文件公布
自申请之日起 18 个月，JPO 将在公报上公开未经审查的申请文件。
3、实质审查
提实审的期限为自日本申请日起3年内或自PCT专利申请日起3 年内。自申请之日起 3 年内未要求实质审查的申请，将自动被视为撤回，不能授予专利。答复审查意见通知书的期限均是自审查意见通知书的发送日起3个月以提交答辩书。3个月内无法提交的情况下，可再延期最多三个月。
在日本，审查意见通知书（无论是第几次发出的通知书）均称为“驳回理由通知书”（以下称审查意见通知书），根据通知书内容分为“最初的驳回理由通知书”和“?最终的驳回理由通知书”（如果是“最终的驳回理由通知书”，审查员会在通知书中的正文部分指出）。
4、授权、驳回和异议
如果审查员发现在审查阶段没有不予授予专利的情况，则同意授予专利。在评估书面意见／修订后，没有不予授予专利的情况，则同意授予专利。
如果申请人提交的书面意见或修订不足以消除驳回的理由，并且审查员审定该申请不适于授予专利，则拒绝授予专利。
5、保护期限
保护期限为自申请日起20年，在日本获得发明专利需要就专利申请提出实质审查请求，通过实质审查后方可获得专利权。在一定的条件下，关于化学和医药领域的发明可以申请延长5年。