商标转让合同纠纷有以下几种解决方式：
1、如果纠纷属于企业内部自身问题所造成的，那么就属于民事法律纠纷的范畴，需要当事人自己通过司法诉讼的程序来维护自己的权益。
民间调解达成的协议不具有法律上的强制执行力，但仲裁调解达成的协议或诉讼调解达成协议在依法制作法律文书生效后具有强制执行力，当事人必须履行协议内容。
2、如果商标的转让申请，正处于商标局转让审查进程中，商标局会给当事人一个合理的时限来进行处理。
商标合同纠纷的调解没有法定舶程序，但商标合同纠纷的仲裁或诉讼则必须严格依照仲裁法和民事诉讼法规定的程序进行，否则属于在程序上的不合法。
4、如果商标属于假冒、伪造等非法转让的问题，则需要当地的公安部门对其进行刑事鉴定，然后再走司法程序。
5、若属于商标局“不予受理”、“不予核准”等行政决定的行政纠纷，当事人可以通过国家工商总局或行政诉讼等途径进行解决。
商标合同纠纷由仲裁机构仲裁后作出的裁决，一裁终裁，具有法律效力，当事人不自觉履行的，另一方当事人可以向有关人民法院申请强制执行。
商标合同纠纷由人民法院依法审理后，作出民事判决书，当事人可以在法定期限内向上一级法院上诉，实行二审终审。生效的民事裁判具有强制执行力，当事人应当自觉履行，不履行的，法院可以应一方当事人的申请或依职权采取措施，强制当事人履行裁判的内容。